سه‌قلعه يکي از شهرهاي استان خراسان جنوبي در ايران است.
طول جغرافيايي: 5823E
عرض جغرافيايي: 3340N
در جنوبي‌ترين نقطه شهرستان سرايان و در فاصله 24 کيلومتري شهر سرايان و 61 کيلومتري شهر فردوس.
شهر سه قلعه به علت قرار گرفتن در عرض جغرافيايي پايين، ارتفاع کم از دريا، دوري از منابع آبي بزرگ دوري از توده‌هاي باران آور فشار زياد جنب حاره ونزديکي به کوير که همه اين عوامل باعث بارندگي کم، گرماي زياد تابستان، تبخير فراوان بطور کلي بياباني ونيمه بياباني منطقه گرديده‌است. تابستانها هوا گرم وسوزان وزمستانها سرد وخشک است.در بيشتر سالها بارندگي از 100 ميليمتر کمتر است که پديده خشکسالي را به همراه دارد.
سه قلعه در محدوده حوضه آبريزکوير نمک واقع شده‌است است وداراي آب وهواي گرم وخشک با زمستانهاي سرد مي‌باشد.دماي گرمترين ماه سال برابر با 48/4 درجه سانتيگراد در مرداد ماه وسردترين ماه سال در ديماه برابر 4/1 درجه سانتيگراد مي‌باشد ودماي روزانه سال بين 16- درجه سانتيگراد تا 44 درجه متغير است. بارندگي در ماه شهريور صفر و در اسفند ماه با 33 ميليمتر بيشترين است که متوسط بارندگي ساليانه 173 ميليمتر را موجب مي‌شودورطوبت نسبي هوا در طول اقليمي 45/6 درصد گزارش شده‌است. بادهاي محلي به نام کوه باد از شمال سيه باد، روز باد وقبله باد (اصطلاحاًکلغور) سه قلعه را در طول سال تحت تاثير قرار مي‌دهند که باد غالب وتاثير گزار سيه باد است که در زمستان مي‌وزد. زمين شناسي وخاک شناسي سه قلعه: سه قلعه بر روي آبرفتهاي دوران چهارم کواترنري واقع شده که حاوي سه سنگ، گچ ونمک مي‌باشد. معادل گچ ونمک اطراف نامي برااين مدعا مي‌باشد.دهستان سه قلعه در زدن ايران مرکزي ويکي فعالترين مناطق زمين شناسي که توسط گسلهاي سراسري ومهم نظير گسل کوير بزرگ، گسل کلمرد وگسل هريرود و... از ديگر زونهاي ايران مجزا مي‌گردد.